Depuis l'automne 2000 (en préparation pour la deuxième année du PIH), le calcul mathématique suivant a été utilisé pour répartir le financement annuel du PIH entre les cinq régions administratives d'Environnement Canada. Il intègre la proportion d'espèces en péril et la proportion d'écorégions vulnérables par région administrative afin d'allouer les fonds où ils sont le plus nécessaires. Il prévoit aussi une allocation répartie entre les espèces aquatiques et terrestres (un ensemble de paramètres différents étant appliqué aux espèces aquatiques). Le pourcentage de répartition des fonds alloués aux espèces aquatiques et aux espèces terrestres indiqué ici (29 p. 100 / 71 p. 100) correspond à la distribution des espèces aquatiques et terrestres désignées par le COSEPAC, telle que présentée dans la lettre d'appel du PIH de 2007-2008.